Juan Manuel Quintana tiene una larga trayectoria como solísta y músico de cámara, que lo ha llevado a presentarse en las mas prestigiosas salas de Europa, Estados Unidos, America Latina y Japón en el seno de diferentes agrupaciones: Concerto Vocale (René Jacobs), Les Musiciens du Louvre (Marc Minkowski), Hesperion XX (Jordi Savall) , Concerto Köln, Les Talens Lyriques, Ensemble Vocal de Lausanne (Michel Corboz), Akamus, entre otros, participando con ellos en numerosas grabaciones para Archiv Produktion, Harmonia Mundi France, Glossa, Alia Vox y otras.
Es invitado regularmente a dar clases en los Festivales Internacionales de Música Antigua como los de Curitiba y Brasilia ; cursos de verano de la Universidad de Salamanca, Universidad Católica de Chile, Häendel Festspiel de Karlsruhe, Corso di Musica Antica di Urbino, Escuela de música de Montevideo entre otros. Entre 2006 y 2012 fue profesor del Conservatorio Municipal de Buenos Aires en viola da gamba y música de cámara.
Como solista se ha presentado en el Theatre de la Ville, Theatre des Abesses, Festival de la Roque d’Antheron, Les Folles Journèes à Nantes, Lisboa y Bilbao, Museo de instrumentos de Berlin, Maison de Radio France, Wigmore Hall y otras. Muchos de sus recitales han sido grabados para diferentes radios. Ha realizado tres grabaciones para Harmonia Mundi France (Suites de Marin Marais junto a Attilio Cremonesi y Dolores Costoyas ; Sonatas de Bach junto a Céline Frisch y Triosonatas de Buxtehude junto a Manfredo Kraemer) que recibieron distinciones de la crítica especializada (Diapason d’or, Choc du Monde de la Musique y Classica y nominación Cannes Grammy Awards). Junto al clavecinista Luc Beausejour, Grégoire Jeay y Hélène Plouffe graba en Montréal un CD dedicado al repertorio camarístico francés del S. XVIII para Analekta y con el consort de violas Gambe di Legno grabó las Pavanas Lachrymae de John Dowland, la obra de consort de Christopher Tye y las Fantaisas de Eustache Du Caurroy para el sello Fra Bernardo.
Entre 1999 y 2005 asistió a Marc Minkowski en L’Incoronazione di Poppea (Aix en Provence, Viena y Paris) y en Giulio Cesare (Amsterdam, Paris, Viena y Zurich).
Ha dirigido Les Musiciens du Louvre en 2000 en una gira por el sudoeste de Asia y nuevamente en 2003 en Grenoble y Lyon. A partir de ese momento a dirigido numerosos proyectos en Argentina incluyendo « la Resurrezione » de Haendel y para la asociación Buenos Aires Lírica, la producción de las óperas « Agrippina » de Haendel, « L’Incoronazione di Poppea » de Monteverdi y « Rodelinda » de Haendel, aclamada por la crítica como uno de los mejores espectáculos de la temporada.
Dirigió el Orfeo de Monteverdi en Santiago de Chile recibiendo el premio del círculo de críticos de ese país como el mejor espectáculo del año y el Ritorno d’Ulisse in Patria para Buenos Aires Lírica. Fue asimismo invitado a dirigir la Camerata Antiqua de Curitiba (Brasil) en différentes oportunidades.
En 2009 es galardonado en Buenos Aires con el premio Konex como mejor instrumentista (instrumentos diversos) de la década.